Die Frage habe ich mir auch schon mehrfach gestellt.
Zunächst zum Filesystem:
FAT(32) mag keine Files grösser 4GB, selbst wenn es manchmal gelingt, solche zu erzeugen. Auf NTFS und den Varianten davon ist's kein Problem.
FAT 32 jedenfalls kann man mit übergrossen Files lahmlegen, alles Erdenkliche kann passieren, je nach Betriebssystem unterschiedlich. Vor allem werden gann Systemtools versagen, selbst das Löschen solcher Dateien ist manchmal nicht mehr unter Windows machbar.
Mir ist nur einmal eine solche Aufnahme über 4 GB am Stück "gelungen", leider weiss ich nicht mehr, mit welchem Programm und welcher Version, ich vermute, es war MD 8.x. Das war unter Win98SE und FAT32, das File war nicht vollständig abspielbar, liess sich nicht einfach löschen und verhinderte z.B. Defragmentation mit Defrag oder Norton Speed Disk. Gelöscht habe ich's dann unter plain DOS.
Ich habe letztlich Aufzeichnung direkt auf UDF-DVD mittels InCD getestet, mir ist es in diesem Zusammenhang nicht gelungen, Files grösser 4 GB zu erzeugen, mit keiner Einstellung unter diversen Proggies in etlichen Versionen, es wurde immer gesplittet. Das sollte eigentlich nicht an Win98 liegen, denn UDF hat m.W. die 4GB-Grenze nicht. Leider habe ich noch nicht einmal geschaft, ein Disc-Image von z.B. 4,2 GB in ein einziges File zu schreiben, alle mir verfügbaren Tools splitten oder scheitern. Muss wohl 'mal wieder ein Linux bemühen, für solche Tests, kein Kinderspiel für mich, denn ich habe z.Zt. keine Partition mit über 4 GB für sowas frei, ginge also nur on-the-fly.

Bei mir hat sich kürzlich folgende Panne bei >4GB bemerkbar gemacht: ich habe zwei 160er Platten und eine 80 Platte unter NFTS und eine 80er unter FAT32. Nun hatte ich auf den NFTS Platten aufgenommen, mit pva strumento demuxt und dort als Ausgabefile einen Bereich auf 'ner  FAT32-Platte  angegeben und weiter von diesem Teil in mpeg-Schnitt eingelesen. Dort erst habe ich bemerkt, das an der Datei was nicht stimmt. Der Schieberegler und die Zeitangabe waren merkwürdig.
fehlermeldungen gab's bis dahin keine. Glücklicherweise hatte ich die Originaldateien noch nicht gelöscht.